More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3235 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  759    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  60.32 
 
 		 374 aa  496  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 		 374 aa  457  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  56.2 
 
 		 379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  55.23 
 
 		 372 aa  435  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  56.35 
 
 		 362 aa  422  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  53.76 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  51.34 
 
 		 372 aa  396  1e-109  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 374 aa  392  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.12 
 
 		 379 aa  330  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  34.76 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.02 
 
 		 375 aa  212  9e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.83 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 		 374 aa  205  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.16 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.36 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.37 
 
 		 372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  32.2 
 
 		 378 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.1 
 
 		 372 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.44 
 
 		 371 aa  192  5e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.95 
 
 		 375 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.69 
 
 		 375 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  31.84 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.69 
 
 		 375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.46 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.57 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.89 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.03 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.35 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.9 
 
 		 365 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 		 374 aa  183  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.42 
 
 		 370 aa  183  5.0000000000000004e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.91 
 
 		 365 aa  182  9.000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.97 
 
 		 376 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  28.87 
 
 		 378 aa  180  4e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 		 378 aa  180  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.91 
 
 		 366 aa  179  5.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.19 
 
 		 366 aa  179  9e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  29.84 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.65 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  30.48 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  30 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.75 
 
 		 378 aa  173  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.44 
 
 		 372 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 373 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.54 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 372 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 373 aa  169  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 		 376 aa  169  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.88 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 		 380 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  28.85 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 		 387 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 376 aa  166  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 		 372 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 		 372 aa  166  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.22 
 
 		 367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  29.03 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.31 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  31.66 
 
 		 367 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 		 377 aa  163  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  29.03 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.64 
 
 		 369 aa  163  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  26.61 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  30.61 
 
 		 367 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.61 
 
 		 367 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.51 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.23 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.41 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  29.04 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>