More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0002 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
374 aa  763    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  68.72 
 
 
375 aa  552  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.03 
 
 
374 aa  504  9.999999999999999e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.7 
 
 
374 aa  490  1e-137  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  60.7 
 
 
378 aa  488  1e-137  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.05 
 
 
376 aa  472  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  56.42 
 
 
374 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 
374 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.72 
 
 
379 aa  202  5e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  32.01 
 
 
372 aa  202  9e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  32.57 
 
 
362 aa  195  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  31.46 
 
 
379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 
374 aa  188  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  29.82 
 
 
374 aa  181  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  30 
 
 
372 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 
374 aa  175  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  27.37 
 
 
372 aa  159  5e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
371 aa  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.46 
 
 
373 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
372 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  28.93 
 
 
372 aa  145  9e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 
372 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.76 
 
 
373 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 
372 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
397 aa  140  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 
385 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  28.12 
 
 
366 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 
367 aa  138  1e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 
366 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
372 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.01 
 
 
397 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 
373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
373 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 
373 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
366 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 
366 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.54 
 
 
372 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  24.14 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.21 
 
 
372 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
366 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
366 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.06 
 
 
366 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.45 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  28.14 
 
 
365 aa  130  3e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 
366 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
412 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 
371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  25.79 
 
 
373 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 
368 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
366 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 
372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.4 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  27.84 
 
 
368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  25.72 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.68 
 
 
376 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25.4 
 
 
366 aa  126  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.95 
 
 
367 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.98 
 
 
373 aa  126  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  24.35 
 
 
366 aa  125  8.000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
366 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 
367 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
368 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
368 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 
372 aa  124  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
368 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
372 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
368 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
368 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.04 
 
 
368 aa  123  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
367 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.36 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  26.51 
 
 
366 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  24.93 
 
 
366 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
367 aa  121  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  25.66 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>