More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0002 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  765    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  73.26 
 
 		 374 aa  590  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  70.86 
 
 		 378 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  71.85 
 
 		 376 aa  559  1e-158  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  68.18 
 
 		 374 aa  541  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.37 
 
 		 375 aa  509  1e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.03 
 
 		 374 aa  504  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.13 
 
 		 379 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  31.83 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  31.48 
 
 		 374 aa  206  8e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  34.11 
 
 		 379 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 372 aa  185  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  31.46 
 
 		 362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 		 374 aa  182  7e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  29.38 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  31.51 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.63 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  26.86 
 
 		 367 aa  133  3.9999999999999996e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 		 372 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.48 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 		 373 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  25.6 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 		 397 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  26.76 
 
 		 371 aa  129  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  26.11 
 
 		 372 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 		 375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.79 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 		 375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.53 
 
 		 367 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 		 372 aa  126  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  24.29 
 
 		 374 aa  126  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 		 372 aa  126  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.44 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  26.48 
 
 		 372 aa  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 372 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  25.86 
 
 		 372 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 372 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.85 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.32 
 
 		 376 aa  122  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  26.32 
 
 		 372 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  24.67 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  26.12 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 		 362 aa  119  7e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 		 371 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.33 
 
 		 371 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.19 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  25.87 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  25.13 
 
 		 378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.33 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.93 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  26.35 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  25.78 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.76 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.1 
 
 		 365 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25.66 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.26 
 
 		 372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  24.73 
 
 		 366 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.2 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  24.48 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  26.78 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  23.87 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.02 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.54 
 
 		 367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>