More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3720 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  757    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  70.98 
 
 		 379 aa  558  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  67.02 
 
 		 374 aa  529  1e-149  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 		 374 aa  457  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  51.21 
 
 		 372 aa  385  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  50.28 
 
 		 372 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  48.92 
 
 		 372 aa  380  1e-104  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  49.86 
 
 		 362 aa  375  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  49.06 
 
 		 374 aa  362  6e-99  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.63 
 
 		 379 aa  292  8e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  34.49 
 
 		 377 aa  225  9e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.33 
 
 		 375 aa  196  8.000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.66 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 		 374 aa  182  7e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  33.07 
 
 		 378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.95 
 
 		 375 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.69 
 
 		 375 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 374 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  30.29 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  29.84 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 		 376 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 		 372 aa  171  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.53 
 
 		 374 aa  171  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 		 372 aa  170  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 397 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 397 aa  169  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 367 aa  169  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  29.57 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  31.56 
 
 		 385 aa  166  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.3 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 		 366 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.01 
 
 		 367 aa  162  7e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.11 
 
 		 365 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.28 
 
 		 387 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.11 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.07 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.07 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.21 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.52 
 
 		 373 aa  160  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 		 372 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.3 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.07 
 
 		 373 aa  159  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  29.71 
 
 		 371 aa  159  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.57 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 373 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.07 
 
 		 373 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  31.07 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.08 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  29.62 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  29.17 
 
 		 382 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.49 
 
 		 366 aa  157  4e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 		 371 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 		 366 aa  157  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  29.57 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.66 
 
 		 376 aa  157  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.81 
 
 		 371 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 		 373 aa  155  8e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  28.81 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.33 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  31.7 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.67 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.32 
 
 		 368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.22 
 
 		 367 aa  154  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  28.3 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  30.1 
 
 		 372 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>