More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0002 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
379 aa  763    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  45.12 
 
 
374 aa  341  1e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  41.05 
 
 
374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  40.63 
 
 
374 aa  305  8.000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  40.16 
 
 
379 aa  301  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  40.21 
 
 
372 aa  294  1e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  39.67 
 
 
362 aa  292  6e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  38.89 
 
 
372 aa  283  4.0000000000000003e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  37.83 
 
 
374 aa  276  4e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  39.46 
 
 
372 aa  265  7e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.13 
 
 
374 aa  226  6e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  35.75 
 
 
374 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.2 
 
 
374 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.03 
 
 
374 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 
376 aa  212  7.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 
378 aa  209  7e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  34.65 
 
 
377 aa  206  7e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.38 
 
 
375 aa  203  4e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.82 
 
 
372 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.86 
 
 
371 aa  193  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.93 
 
 
367 aa  193  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 
365 aa  192  7e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.75 
 
 
367 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 
375 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  31.23 
 
 
366 aa  183  3e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.37 
 
 
372 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.38 
 
 
376 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 
372 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.77 
 
 
372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.12 
 
 
365 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.01 
 
 
376 aa  179  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.02 
 
 
373 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.36 
 
 
372 aa  179  9e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  33.25 
 
 
370 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.87 
 
 
372 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.69 
 
 
373 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 
367 aa  176  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.38 
 
 
367 aa  176  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 
397 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  32.37 
 
 
371 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  32.81 
 
 
373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.11 
 
 
366 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  30.39 
 
 
376 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
367 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
372 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  32.37 
 
 
372 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.87 
 
 
375 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 
366 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
367 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
371 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 
372 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.79 
 
 
385 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 
366 aa  170  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.93 
 
 
366 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  32.64 
 
 
372 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 
374 aa  169  6e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.24 
 
 
379 aa  169  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.71 
 
 
367 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 
367 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.71 
 
 
367 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.24 
 
 
379 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
366 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 
379 aa  169  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 
379 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 
379 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 
366 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 
366 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.81 
 
 
374 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.69 
 
 
390 aa  168  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 
367 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
367 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  32.1 
 
 
372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
369 aa  167  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000252276  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
379 aa  167  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
379 aa  167  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  29.44 
 
 
376 aa  166  4e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
373 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 
373 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
381 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
381 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.85 
 
 
372 aa  166  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 
367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31 
 
 
365 aa  165  9e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  30.55 
 
 
373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 
412 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.74 
 
 
373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  28.65 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  30.5 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 
367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 
367 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.62 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>