More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1853 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 377 aa  766    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  35.2 
 
 		 372 aa  249  6e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  34.76 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  34.77 
 
 		 362 aa  235  8e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  32.09 
 
 		 372 aa  233  5e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 		 372 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  34.49 
 
 		 374 aa  225  9e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  32.4 
 
 		 374 aa  216  5.9999999999999996e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  32.63 
 
 		 379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.65 
 
 		 379 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 		 372 aa  149  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.18 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 		 367 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.72 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.93 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.19 
 
 		 368 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.98 
 
 		 372 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.4 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.93 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.4 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.53 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.06 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.87 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.16 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.96 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.41 
 
 		 372 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.44 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.17 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.61 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  28.24 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 367 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  25.73 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 367 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.77 
 
 		 382 aa  120  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.8 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 		 371 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  24.27 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.4 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.82 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  25.27 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 376 aa  117  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  24.73 
 
 		 367 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.67 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.51 
 
 		 366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  26.34 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  26.33 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 367 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.67 
 
 		 369 aa  113  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 367 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  24.87 
 
 		 376 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  24.47 
 
 		 366 aa  112  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 		 366 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  26.11 
 
 		 372 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  24.87 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.27 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  24.67 
 
 		 372 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000252276  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  26.77 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 		 371 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.95 
 
 		 369 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.25 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  24.44 
 
 		 393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  25.46 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  26.56 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  24.44 
 
 		 393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.69 
 
 		 387 aa  110  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  24.34 
 
 		 366 aa  109  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  24.06 
 
 		 366 aa  110  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.67 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.66 
 
 		 371 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.06 
 
 		 371 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.25 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  25.55 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>