More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TC0347 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
366 aa  744    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  36.36 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  32.71 
 
 
374 aa  237  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.55 
 
 
372 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 
372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.99 
 
 
376 aa  197  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 
376 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.26 
 
 
372 aa  193  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.45 
 
 
372 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 
373 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.45 
 
 
372 aa  189  8e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.83 
 
 
372 aa  189  9e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
372 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 
372 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.38 
 
 
372 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.1 
 
 
372 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28 
 
 
372 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.23 
 
 
366 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 
372 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 
366 aa  186  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 
373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 
373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  31.9 
 
 
370 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 
373 aa  184  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  29.76 
 
 
372 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
367 aa  184  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 
373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
375 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
375 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
375 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
366 aa  182  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
372 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
372 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 
372 aa  182  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
366 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.98 
 
 
367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  31.44 
 
 
366 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 
373 aa  180  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.98 
 
 
367 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
397 aa  179  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  27.99 
 
 
366 aa  179  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.7 
 
 
365 aa  179  9e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 
373 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
397 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 
366 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.81 
 
 
372 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  30.91 
 
 
372 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  31.18 
 
 
371 aa  177  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.84 
 
 
385 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.43 
 
 
367 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 
367 aa  177  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.74 
 
 
373 aa  177  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  28.8 
 
 
366 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
372 aa  176  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 
372 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
366 aa  176  8e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.81 
 
 
368 aa  175  9e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 
373 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  31.25 
 
 
366 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.38 
 
 
372 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  31.25 
 
 
366 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  30.83 
 
 
372 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.25 
 
 
366 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 
367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.22 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.67 
 
 
373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.62 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 
372 aa  173  5e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.51 
 
 
366 aa  172  5.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.54 
 
 
373 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 
412 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.23 
 
 
366 aa  170  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 
372 aa  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.19 
 
 
367 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 
366 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.62 
 
 
367 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.62 
 
 
367 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.22 
 
 
372 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 
367 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.62 
 
 
367 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  30.16 
 
 
367 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  29.57 
 
 
372 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 
367 aa  169  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.96 
 
 
366 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.96 
 
 
366 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  30.43 
 
 
367 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  30.43 
 
 
367 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 
366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.16 
 
 
367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 
366 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>