More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_12563 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  100 
 
 		 362 aa  736    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  77.62 
 
 		 372 aa  592  1e-168  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  71.55 
 
 		 374 aa  554  1e-157  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  56.35 
 
 		 374 aa  422  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  52.07 
 
 		 374 aa  399  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  49.86 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  49.42 
 
 		 372 aa  362  4e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  48.38 
 
 		 379 aa  360  2e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  43.37 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.67 
 
 		 379 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  34.77 
 
 		 377 aa  235  8e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 374 aa  194  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.57 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.14 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.13 
 
 		 375 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.86 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.86 
 
 		 375 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.46 
 
 		 374 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 366 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.77 
 
 		 376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  34.17 
 
 		 378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.27 
 
 		 376 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.51 
 
 		 366 aa  179  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  29.64 
 
 		 366 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  31.42 
 
 		 366 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  30.3 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  28.25 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.45 
 
 		 376 aa  176  6e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  31.16 
 
 		 374 aa  175  9e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.68 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  26.78 
 
 		 376 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.48 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.61 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.7 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.61 
 
 		 366 aa  173  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.47 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.88 
 
 		 372 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 371 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.55 
 
 		 367 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  28.25 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.22 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.08 
 
 		 373 aa  170  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  29.04 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.06 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 366 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.41 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 		 366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.73 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  29.16 
 
 		 371 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.16 
 
 		 371 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 		 367 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.67 
 
 		 368 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 		 371 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  29.67 
 
 		 368 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.67 
 
 		 368 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.36 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  29.23 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.01 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 368 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.14 
 
 		 373 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  28.15 
 
 		 382 aa  163  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.3 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.85 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.07 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.9 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.72 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.07 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.9 
 
 		 378 aa  159  6e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 367 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.12 
 
 		 372 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 367 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 367 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>