More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0231 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 367 aa  734    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.19 
 
 		 372 aa  200  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  31.89 
 
 		 367 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 		 372 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.15 
 
 		 365 aa  199  7e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.3 
 
 		 376 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.61 
 
 		 366 aa  195  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.08 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.61 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  32.61 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 372 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0937  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 375 aa  189  1e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 		 373 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.65 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.65 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 		 372 aa  187  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 366 aa  187  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  32.61 
 
 		 366 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.11 
 
 		 372 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.38 
 
 		 375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  29.37 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.82 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.65 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 370 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 372 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 372 aa  182  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.67 
 
 		 368 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.65 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.22 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.16 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.65 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  29.57 
 
 		 372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 372 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.82 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 371 aa  180  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 372 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.26 
 
 		 366 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  36.52 
 
 		 362 aa  179  5.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 		 369 aa  179  7e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.54 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.48 
 
 		 369 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  31.73 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 397 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 397 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  29.67 
 
 		 368 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.34 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 		 372 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.99 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 		 374 aa  177  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.91 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.62 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  29.11 
 
 		 412 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.67 
 
 		 368 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.37 
 
 		 373 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 		 367 aa  176  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.26 
 
 		 366 aa  176  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 366 aa  176  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 367 aa  176  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.99 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.93 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.45 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  27.99 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.87 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>