More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0963 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 362 aa  718    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.71 
 
 		 367 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 		 372 aa  185  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.42 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.38 
 
 		 376 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 		 372 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.73 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.28 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.73 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.73 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  36.52 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.69 
 
 		 376 aa  179  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 		 366 aa  179  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  30.92 
 
 		 366 aa  179  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  31.2 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 		 372 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 		 372 aa  178  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  31.73 
 
 		 375 aa  176  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  31.28 
 
 		 372 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.94 
 
 		 373 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.71 
 
 		 365 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.63 
 
 		 372 aa  176  8e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 		 397 aa  176  8e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  31.55 
 
 		 372 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 		 397 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.12 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  31.09 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 372 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 369 aa  173  2.9999999999999996e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.23 
 
 		 373 aa  173  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  30.77 
 
 		 412 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  30.06 
 
 		 366 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 		 372 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 		 372 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 		 372 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.4 
 
 		 373 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 372 aa  172  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.48 
 
 		 372 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.97 
 
 		 373 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.65 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  30.14 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.96 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.12 
 
 		 366 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.55 
 
 		 369 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.12 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.12 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.12 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.12 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 374 aa  169  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  29.75 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.5 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.23 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 372 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.27 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.7 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.23 
 
 		 369 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 		 371 aa  167  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.26 
 
 		 376 aa  167  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.41 
 
 		 366 aa  167  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 		 372 aa  167  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 		 372 aa  166  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.48 
 
 		 368 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.41 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.95 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.63 
 
 		 367 aa  166  8e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 		 366 aa  166  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 		 370 aa  165  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.33 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 		 367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30 
 
 		 367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  31.4 
 
 		 374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.81 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.27 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  28.29 
 
 		 366 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 		 375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 		 372 aa  162  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  29.04 
 
 		 366 aa  162  9e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.34 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  29.34 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 372 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  31.34 
 
 		 369 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.48 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.97 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.35 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>