More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1009 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  99.21 
 
 		 378 aa  761    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  94.97 
 
 		 378 aa  739    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 378 aa  766    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  48.94 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  48.41 
 
 		 377 aa  382  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 376 aa  375  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  45.62 
 
 		 378 aa  345  6e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  38.22 
 
 		 381 aa  297  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.96 
 
 		 365 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.31 
 
 		 367 aa  235  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  32.75 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 370 aa  209  9e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  31.52 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  31.63 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 367 aa  202  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  30.61 
 
 		 386 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.48 
 
 		 369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  32.19 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.79 
 
 		 385 aa  200  3e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  31.67 
 
 		 394 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.54 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 		 381 aa  193  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 		 381 aa  193  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 		 377 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.22 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 375 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 		 377 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.36 
 
 		 387 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.02 
 
 		 366 aa  189  5e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.91 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 379 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 385 aa  186  6e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 370 aa  186  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 379 aa  186  8e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  30 
 
 		 385 aa  186  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  30.31 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  30 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.09 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.82 
 
 		 381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.68 
 
 		 369 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 		 377 aa  182  8.000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 374 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.17 
 
 		 378 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.45 
 
 		 372 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 366 aa  180  4e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 		 374 aa  180  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.18 
 
 		 372 aa  177  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.34 
 
 		 385 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.18 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 374 aa  174  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 372 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.23 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 		 397 aa  171  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 397 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  29.47 
 
 		 372 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.37 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.21 
 
 		 376 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 		 366 aa  168  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 		 380 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.37 
 
 		 373 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  27.61 
 
 		 374 aa  160  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 		 375 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  28.9 
 
 		 362 aa  159  6e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 365 aa  159  7e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  29.84 
 
 		 367 aa  159  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 373 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.06 
 
 		 375 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 		 372 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 		 375 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  30.45 
 
 		 371 aa  158  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  28.08 
 
 		 376 aa  157  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.91 
 
 		 378 aa  158  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.77 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 		 389 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>