More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4406 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
377 aa  758    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  88.06 
 
 
377 aa  690    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  64.29 
 
 
378 aa  502  1e-141  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  53.68 
 
 
381 aa  418  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  48.68 
 
 
378 aa  388  1e-107  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  48.41 
 
 
378 aa  385  1e-106  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  48.94 
 
 
378 aa  386  1e-106  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  44.83 
 
 
376 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.01 
 
 
370 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.4 
 
 
365 aa  218  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
367 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 
394 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  32.37 
 
 
390 aa  199  5e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 
367 aa  197  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.18 
 
 
370 aa  195  9e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  30.63 
 
 
386 aa  194  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.24 
 
 
387 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  31.57 
 
 
393 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  31.57 
 
 
393 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.63 
 
 
386 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  32.4 
 
 
382 aa  191  2.9999999999999997e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.11 
 
 
385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 
377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.85 
 
 
397 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 
377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.41 
 
 
366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
385 aa  184  3e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
374 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
385 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.63 
 
 
388 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.03 
 
 
385 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
377 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.21 
 
 
385 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
375 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  178  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  178  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 
369 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 
367 aa  176  6e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.91 
 
 
374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.52 
 
 
366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
379 aa  172  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
379 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
379 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
379 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.33 
 
 
366 aa  171  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.39 
 
 
381 aa  171  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.83 
 
 
374 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.88 
 
 
365 aa  170  4e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
379 aa  169  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
379 aa  168  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.08 
 
 
378 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
379 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.84 
 
 
366 aa  168  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  29.61 
 
 
376 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.6 
 
 
369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 
376 aa  166  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 
376 aa  166  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 
376 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.39 
 
 
372 aa  164  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 
376 aa  162  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.52 
 
 
367 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  28.94 
 
 
376 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  29.05 
 
 
376 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
385 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  27.98 
 
 
376 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
376 aa  159  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 
371 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 
371 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  28.24 
 
 
376 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 
366 aa  158  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
371 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 
371 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.38 
 
 
367 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  27.94 
 
 
376 aa  157  3e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 
367 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 
367 aa  157  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.77 
 
 
366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 
367 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 
373 aa  155  8e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  30.18 
 
 
367 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
371 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.18 
 
 
367 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.5 
 
 
372 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
373 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 
380 aa  154  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.16 
 
 
367 aa  153  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.18 
 
 
367 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 
366 aa  153  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 
366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 
373 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
378 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 
372 aa  152  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  26.91 
 
 
367 aa  152  8.999999999999999e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
365 aa  151  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
371 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>