More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0002 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 388 aa  762    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  74.81 
 
 		 396 aa  571  1.0000000000000001e-162  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  67.61 
 
 		 398 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  67.35 
 
 		 398 aa  508  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  67.35 
 
 		 398 aa  508  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  66.58 
 
 		 402 aa  507  9.999999999999999e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  66.84 
 
 		 398 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  65.81 
 
 		 398 aa  496  1e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  61.01 
 
 		 378 aa  446  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.03 
 
 		 375 aa  411  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.96 
 
 		 408 aa  409  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  59.49 
 
 		 379 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.3 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.67 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.55 
 
 		 386 aa  378  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.41 
 
 		 379 aa  374  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  50.64 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.39 
 
 		 396 aa  366  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.41 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.14 
 
 		 387 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.42 
 
 		 376 aa  352  8e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.69 
 
 		 377 aa  351  1e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.52 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.2 
 
 		 378 aa  345  7e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.33 
 
 		 374 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.13 
 
 		 376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.48 
 
 		 377 aa  343  4e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.81 
 
 		 374 aa  342  8e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.16 
 
 		 376 aa  342  9e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.87 
 
 		 386 aa  341  1e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.74 
 
 		 377 aa  340  2e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.87 
 
 		 378 aa  334  1e-90  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.93 
 
 		 380 aa  332  5e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.59 
 
 		 374 aa  332  8e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  45.48 
 
 		 374 aa  330  3e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  46.04 
 
 		 379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  45.34 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.44 
 
 		 383 aa  325  1e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  44.95 
 
 		 384 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  43.3 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  38.14 
 
 		 374 aa  253  3e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  38.06 
 
 		 433 aa  249  8e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  33.76 
 
 		 374 aa  236  7e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  41.64 
 
 		 404 aa  229  7e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.77 
 
 		 366 aa  192  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.32 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.2 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 		 366 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 		 366 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.22 
 
 		 369 aa  177  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.89 
 
 		 374 aa  174  3.9999999999999995e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.62 
 
 		 378 aa  172  6.999999999999999e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 		 385 aa  169  7e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 374 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.59 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.21 
 
 		 397 aa  167  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.64 
 
 		 385 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 		 372 aa  162  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.79 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.88 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 		 380 aa  160  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 		 370 aa  159  6e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 		 372 aa  159  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.88 
 
 		 385 aa  158  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.26 
 
 		 394 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.9 
 
 		 366 aa  159  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.24 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.36 
 
 		 382 aa  156  7e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 		 378 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.69 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.85 
 
 		 367 aa  155  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.57 
 
 		 377 aa  153  4e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 		 386 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.62 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.09 
 
 		 372 aa  153  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.09 
 
 		 372 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  29.54 
 
 		 378 aa  152  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  26.34 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 		 386 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  29.54 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  30.93 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 379 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  26.09 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 379 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 		 373 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 		 381 aa  149  8e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>