More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0002 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 376 aa  750    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  84.84 
 
 		 376 aa  658    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.11 
 
 		 377 aa  610  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  78.46 
 
 		 376 aa  605  9.999999999999999e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.14 
 
 		 378 aa  511  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.3 
 
 		 383 aa  467  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  61.44 
 
 		 374 aa  468  9.999999999999999e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.64 
 
 		 374 aa  459  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  60.43 
 
 		 374 aa  457  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.98 
 
 		 396 aa  423  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.07 
 
 		 374 aa  418  1e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.79 
 
 		 375 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  54.67 
 
 		 378 aa  414  1e-114  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  54.35 
 
 		 379 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.29 
 
 		 379 aa  404  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.95 
 
 		 408 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.7 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.86 
 
 		 380 aa  388  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51 
 
 		 402 aa  366  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  49.08 
 
 		 379 aa  358  8e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.69 
 
 		 386 aa  354  2e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  46.81 
 
 		 374 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.11 
 
 		 377 aa  352  7e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  50.13 
 
 		 384 aa  348  1e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.87 
 
 		 387 aa  347  2e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  49.47 
 
 		 365 aa  345  7e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.13 
 
 		 388 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.84 
 
 		 377 aa  341  9e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.35 
 
 		 386 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  45.34 
 
 		 396 aa  336  2.9999999999999997e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.34 
 
 		 398 aa  333  2e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  43.62 
 
 		 374 aa  333  3e-90  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.83 
 
 		 378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.94 
 
 		 398 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  44.73 
 
 		 402 aa  326  3e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.94 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  44.94 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.32 
 
 		 380 aa  322  6e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  44.56 
 
 		 398 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.26 
 
 		 408 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  47.76 
 
 		 379 aa  313  2.9999999999999996e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  43.97 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.4 
 
 		 404 aa  253  5.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  37.41 
 
 		 433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.73 
 
 		 375 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.87 
 
 		 369 aa  163  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.55 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.66 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.45 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.31 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.12 
 
 		 378 aa  149  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 379 aa  143  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 379 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 		 378 aa  143  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 		 366 aa  143  6e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 		 379 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 		 379 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.6 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.05 
 
 		 376 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 394 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 381 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 366 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28.82 
 
 		 393 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28.82 
 
 		 393 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  25.91 
 
 		 376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.66 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  24.07 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  26.84 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.93 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.45 
 
 		 374 aa  130  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  25.65 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 375 aa  130  3e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.94 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  25.84 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  26.1 
 
 		 376 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1769  DNA polymerase III, beta subunit  32.28 
 
 		 391 aa  129  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.371708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.11 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.04 
 
 		 367 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.81 
 
 		 378 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.2 
 
 		 382 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.53 
 
 		 366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  26.44 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.16 
 
 		 367 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.16 
 
 		 380 aa  126  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.08 
 
 		 387 aa  126  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>