More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2624 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  469  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 
238 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.84 
 
 
238 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 
238 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
238 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  36.97 
 
 
245 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  35.44 
 
 
238 aa  145  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
234 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  35.74 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
245 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
245 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
245 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
237 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  37 
 
 
237 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
237 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
237 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.129059  normal  0.0371904 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
241 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
245 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
205 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 
238 aa  116  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 
238 aa  116  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  36.97 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
250 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
246 aa  111  9e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  35.44 
 
 
236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
237 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
237 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
237 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3511  short chain dehydrogenase  34.03 
 
 
237 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
248 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
248 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5080  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
240 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
238 aa  102  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
248 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
258 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
248 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
248 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
248 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
263 aa  99.4  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
240 aa  98.2  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
204 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
248 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
257 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  0.0943454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  34.01 
 
 
260 aa  95.9  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
257 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 
249 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
255 aa  92.8  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  26.03 
 
 
242 aa  92.8  4e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.58 
 
 
251 aa  92.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
234 aa  92.4  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0991034  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
250 aa  92  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
258 aa  91.7  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
256 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
247 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
285 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
231 aa  90.5  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.268207  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.34 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
249 aa  89.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09158  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01040)  30.42 
 
 
251 aa  89.4  4e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  32.51 
 
 
249 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.53 
 
 
230 aa  87.8  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 
250 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
259 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
288 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
249 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
246 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
244 aa  86.3  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
254 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
254 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>