More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4730 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  100 
 
 
260 aa  507  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75 
 
 
257 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 
258 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
258 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.91 
 
 
259 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.17 
 
 
258 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
257 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  0.0943454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  219  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
250 aa  214  8e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
249 aa  209  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 
247 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
248 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
250 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
248 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
250 aa  204  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  48.56 
 
 
249 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
246 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
248 aa  202  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
249 aa  202  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 
249 aa  201  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
249 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
249 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
248 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
250 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
250 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  43.5 
 
 
249 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  45.53 
 
 
249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
248 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
248 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
254 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
254 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
250 aa  195  7e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
254 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
254 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  47.77 
 
 
245 aa  194  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
246 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
244 aa  193  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
249 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
254 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
244 aa  192  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
254 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
245 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
254 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 
248 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.91 
 
 
251 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
244 aa  188  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
250 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
249 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
249 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
249 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
253 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  44.49 
 
 
249 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
249 aa  184  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  45.75 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
249 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
250 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
244 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  40.41 
 
 
248 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
244 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
244 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
251 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  45.08 
 
 
244 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
250 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
250 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  46.56 
 
 
249 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
249 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
244 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
247 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.170214  normal  0.189904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
248 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 
250 aa  175  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.9 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4111  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.173439 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3998  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.87 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
260 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1738  short chain dehydrogenase  44.18 
 
 
278 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0147369  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
243 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
256 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
255 aa  169  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
249 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.743298  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3249  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
249 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116631  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
244 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
244 aa  168  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
247 aa  167  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
248 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>