More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2913 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  48.44 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
237 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
237 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.129059  normal  0.0371904 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  43.64 
 
 
238 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
246 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  39.42 
 
 
236 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
239 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
241 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  39.41 
 
 
237 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  39.58 
 
 
270 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
250 aa  139  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
240 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  38.17 
 
 
237 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  39.67 
 
 
240 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  39.67 
 
 
240 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  39.67 
 
 
240 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  39.67 
 
 
240 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
240 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
237 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 
240 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
204 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
245 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
237 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  33.76 
 
 
245 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  34.73 
 
 
238 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
245 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
245 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
248 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
238 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 
238 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
245 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3511  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5080  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
240 aa  112  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
249 aa  111  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
249 aa  108  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
246 aa  108  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
248 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
249 aa  104  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
249 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
246 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
254 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
254 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
254 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
244 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
250 aa  101  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
249 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
255 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  28.09 
 
 
242 aa  101  1e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  99.8  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.991587  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
248 aa  99.4  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
250 aa  99  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
250 aa  98.6  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
250 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
254 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
238 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
247 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
242 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12220  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
250 aa  95.9  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
249 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  95.1  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.15 
 
 
251 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
251 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
246 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
261 aa  92.8  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.85 
 
 
261 aa  92.8  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
253 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10890  putative short-chain dehydrogenase  34.44 
 
 
241 aa  92  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0306888  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
258 aa  92.4  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
255 aa  92  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
248 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1738  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
278 aa  91.7  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0147369  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>