More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1392 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  100 
 
 
237 aa  463  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  98.04 
 
 
204 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  89.03 
 
 
237 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  89.03 
 
 
237 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  89.03 
 
 
237 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  73.95 
 
 
237 aa  319  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  75 
 
 
270 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  75 
 
 
240 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  75 
 
 
240 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  75 
 
 
240 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  75 
 
 
240 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  74.17 
 
 
240 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  73.75 
 
 
240 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  73.33 
 
 
240 aa  298  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3511  short chain dehydrogenase  63.68 
 
 
237 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  60.09 
 
 
236 aa  236  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  45.49 
 
 
238 aa  181  7e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  43.04 
 
 
245 aa  165  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
250 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
238 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
238 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
234 aa  148  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
241 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
237 aa  144  9e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  36.73 
 
 
222 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
238 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
243 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 
238 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
237 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.129059  normal  0.0371904 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
237 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
244 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
259 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 
238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
245 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
239 aa  113  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5080  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 
240 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3326  short chain dehydrogenase  44.51 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3131  short chain dehydrogenase  44.51 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351639  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3239  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 
245 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.161967  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  30.17 
 
 
242 aa  106  4e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
205 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
240 aa  101  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
254 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
254 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.88 
 
 
249 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
256 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
256 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
256 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.71611  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
256 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
246 aa  99  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 
271 aa  97.1  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
250 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
251 aa  95.9  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
232 aa  95.5  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
263 aa  95.1  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.61 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  31.32 
 
 
248 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.61 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  33.89 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
245 aa  94.4  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
262 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
253 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0217547  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
258 aa  94  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
238 aa  93.6  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
250 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  31.27 
 
 
255 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.41 
 
 
251 aa  93.2  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
248 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 
264 aa  92.8  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.93 
 
 
246 aa  92.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
261 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237096  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
275 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
256 aa  92  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
249 aa  92  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.56 
 
 
246 aa  92  7e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
249 aa  92  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
256 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
256 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.91 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
267 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.433499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
257 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.16 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>