More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1959 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  75.85 
 
 		 273 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  76.03 
 
 		 270 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  76.23 
 
 		 273 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  75.47 
 
 		 273 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  76.23 
 
 		 273 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  76.23 
 
 		 273 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  74.53 
 
 		 268 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  75.09 
 
 		 275 aa  407  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  74.44 
 
 		 275 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  74.07 
 
 		 275 aa  407  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  77.61 
 
 		 265 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  74.06 
 
 		 280 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  68.54 
 
 		 272 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  59.48 
 
 		 273 aa  324  9e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  51.71 
 
 		 271 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 275 aa  276  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 		 268 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 		 268 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  51.59 
 
 		 277 aa  252  4.0000000000000004e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  48.4 
 
 		 267 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  48.8 
 
 		 266 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 		 263 aa  235  7e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  47.6 
 
 		 264 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1336  short chain dehydrogenase  48 
 
 		 263 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.0949084 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  44 
 
 		 288 aa  193  3e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5509  putative 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  50.56 
 
 		 191 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  41.27 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  42.45 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07770  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G07470)  35.74 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0479246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  38.18 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 256 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  39.74 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  35.37 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 269 aa  148  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 		 257 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.65 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 		 249 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 256 aa  142  7e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  32.96 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 		 252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 		 254 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  31.97 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.66 
 
 		 246 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 257 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 266 aa  135  8e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.08 
 
 		 253 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.39 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.08 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11580  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.68 
 
 		 248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 		 255 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.629032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>