More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5766 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  547  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.96 
 
 
268 aa  318  5e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.3 
 
 
268 aa  318  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  59.92 
 
 
270 aa  289  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  57.98 
 
 
280 aa  285  7e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  58.17 
 
 
273 aa  282  5.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 
275 aa  280  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  56.81 
 
 
275 aa  277  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  57.54 
 
 
268 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  56.69 
 
 
273 aa  275  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 
267 aa  275  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  57.54 
 
 
273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  57.48 
 
 
273 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  57.94 
 
 
273 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  57.94 
 
 
273 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  56.81 
 
 
265 aa  271  6e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  57.72 
 
 
263 aa  268  8.999999999999999e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  55.64 
 
 
275 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
272 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  55.06 
 
 
271 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  53.25 
 
 
266 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  51.61 
 
 
277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 
264 aa  231  7.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1336  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 
263 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.0949084 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5509  putative 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  51.7 
 
 
191 aa  181  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
259 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  40.89 
 
 
292 aa  175  9e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  41.63 
 
 
289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  41.6 
 
 
288 aa  168  1e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07770  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G07470)  38.78 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0479246 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
293 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
291 aa  156  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
264 aa  156  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  34.5 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
256 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
256 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  35.74 
 
 
291 aa  149  3e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
254 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
256 aa  149  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
254 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
256 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
254 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
254 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
255 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
254 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
283 aa  143  2e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
284 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
282 aa  143  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  40.14 
 
 
296 aa  143  4e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
254 aa  142  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
269 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
252 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
255 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
266 aa  137  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
253 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
257 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
252 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
266 aa  136  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
255 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
302 aa  135  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
285 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3253  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.1 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.152872  normal  0.595682 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
258 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
252 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
258 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
256 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
257 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
249 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
255 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
250 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150236 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  32.95 
 
 
258 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.18 
 
 
251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  33.33 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>