More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5509 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5509  putative 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  100 
 
 		 191 aa  387  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  69.57 
 
 		 267 aa  271  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  69.57 
 
 		 266 aa  271  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  66.47 
 
 		 263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 		 268 aa  211  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 		 268 aa  211  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 		 271 aa  201  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  53.18 
 
 		 273 aa  190  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 		 271 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 		 264 aa  189  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  52.22 
 
 		 280 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  49.44 
 
 		 273 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 273 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 		 275 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1336  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 263 aa  185  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.0949084 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 275 aa  184  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 275 aa  184  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 265 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  50.28 
 
 		 268 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.7 
 
 		 275 aa  181  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  49.44 
 
 		 273 aa  181  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  52 
 
 		 272 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 277 aa  175  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  48.89 
 
 		 270 aa  174  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  42.2 
 
 		 289 aa  137  7e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  41.01 
 
 		 288 aa  136  2e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  42.35 
 
 		 292 aa  134  6.0000000000000005e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 		 259 aa  134  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 264 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.296993 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07770  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G07470)  38.1 
 
 		 315 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0479246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 		 256 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 256 aa  119  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 		 256 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 256 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 264 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 254 aa  118  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 		 285 aa  110  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 		 269 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.95 
 
 		 266 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 		 293 aa  109  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 		 252 aa  105  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 		 252 aa  105  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 		 282 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 256 aa  104  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 291 aa  104  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  37.29 
 
 		 296 aa  102  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 		 285 aa  102  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.31 
 
 		 261 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 284 aa  102  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 		 262 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.46 
 
 		 247 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  32.39 
 
 		 263 aa  99.8  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 		 262 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 262 aa  99  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  32.61 
 
 		 291 aa  99.4  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 		 264 aa  99  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.943755 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.99 
 
 		 234 aa  98.6  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 262 aa  98.6  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 260 aa  98.2  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.23 
 
 		 249 aa  97.8  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 		 303 aa  97.1  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 294 aa  97.1  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  34.25 
 
 		 294 aa  96.7  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 		 262 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 		 246 aa  95.5  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 266 aa  95.1  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 247 aa  94.4  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 		 260 aa  94.4  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 		 296 aa  93.6  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 252 aa  94  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 		 283 aa  93.6  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 		 249 aa  92.8  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 247 aa  92.8  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 		 246 aa  92.8  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 		 236 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 254 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 		 286 aa  92  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 245 aa  92  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.53 
 
 		 248 aa  92  5e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.47 
 
 		 249 aa  92  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 		 258 aa  92  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 287 aa  92  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 		 246 aa  92  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.14 
 
 		 250 aa  91.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.77 
 
 		 250 aa  91.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 		 271 aa  91.3  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40299  normal  0.0331692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 		 285 aa  91.3  8e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 269 aa  90.9  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 		 245 aa  90.9  9e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 		 256 aa  90.9  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>