More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3140 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  488  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
251 aa  254  8e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
250 aa  249  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
249 aa  239  4e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
251 aa  238  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
249 aa  237  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
255 aa  237  1e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  50.81 
 
 
246 aa  228  5e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
249 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
248 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
248 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
248 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
262 aa  225  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
248 aa  224  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
248 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
248 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
271 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
248 aa  218  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
249 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
248 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
248 aa  214  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
274 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  52.02 
 
 
248 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
250 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
248 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
248 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
249 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
251 aa  203  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
249 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.18 
 
 
247 aa  191  7e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.6 
 
 
247 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
246 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
247 aa  186  4e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
269 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
250 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  44.13 
 
 
255 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
252 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
252 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
248 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
248 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  42.91 
 
 
243 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
246 aa  175  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2279  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0734  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1076  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1082  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  45.38 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.27 
 
 
252 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
248 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.2 
 
 
253 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
257 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.57 
 
 
249 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
265 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
249 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
247 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  42 
 
 
248 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  36.43 
 
 
268 aa  167  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
247 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
249 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.74 
 
 
248 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3838  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
272 aa  165  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0844914  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
248 aa  164  9e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  41.67 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  41.67 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.73 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
275 aa  162  3e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  40.48 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  41.27 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  38.58 
 
 
264 aa  162  6e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
246 aa  162  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
249 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  41.27 
 
 
253 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  40.16 
 
 
243 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3402  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
252 aa  161  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.615434  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  40.87 
 
 
253 aa  161  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>