More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0108 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
254 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
254 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  47.52 
 
 
255 aa  208  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
249 aa  194  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
248 aa  193  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
249 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
248 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
248 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
248 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
248 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
262 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
251 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
248 aa  185  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
271 aa  184  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
248 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
248 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
248 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
249 aa  175  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  43.5 
 
 
248 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.02 
 
 
251 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
247 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
251 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
252 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
252 aa  169  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
265 aa  168  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  38.66 
 
 
246 aa  168  8e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
249 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
249 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
249 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
249 aa  167  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  43.57 
 
 
247 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
251 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
257 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
251 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.45 
 
 
250 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
251 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11130  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
250 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
249 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
248 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
246 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.67 
 
 
250 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
246 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
246 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
255 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
249 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
248 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  40.5 
 
 
247 aa  159  5e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
246 aa  158  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
253 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.91 
 
 
248 aa  158  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
248 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.5 
 
 
269 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.42 
 
 
247 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
246 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
247 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
247 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  40.08 
 
 
250 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  43.39 
 
 
249 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.58 
 
 
246 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
248 aa  156  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.66 
 
 
244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
245 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.75 
 
 
246 aa  155  7e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  36.33 
 
 
261 aa  155  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
243 aa  155  8e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
250 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  36.73 
 
 
261 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
284 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  36.73 
 
 
261 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  36.33 
 
 
261 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
265 aa  153  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  37.01 
 
 
266 aa  153  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
247 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
251 aa  153  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
284 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
284 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.93 
 
 
244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  36.33 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.45 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>