More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3776 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  484  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.33 
 
 
246 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.76 
 
 
246 aa  378  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  73.28 
 
 
247 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  72.06 
 
 
247 aa  370  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.69 
 
 
246 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.69 
 
 
246 aa  351  5.9999999999999994e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  71.07 
 
 
246 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.49 
 
 
254 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0504887  normal  0.311319 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  67.21 
 
 
246 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.75 
 
 
245 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.77 
 
 
260 aa  324  7e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.93 
 
 
245 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.75 
 
 
245 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.75 
 
 
245 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
246 aa  311  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.52 
 
 
245 aa  309  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
247 aa  309  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 
247 aa  309  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.11 
 
 
245 aa  307  8e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.57 
 
 
247 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 
245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
244 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.57 
 
 
254 aa  304  9.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 
247 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.76 
 
 
269 aa  293  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.85 
 
 
245 aa  290  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  60.16 
 
 
247 aa  290  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.16 
 
 
247 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  59.76 
 
 
247 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 
254 aa  266  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.74 
 
 
246 aa  264  8e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
246 aa  263  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
246 aa  263  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
248 aa  262  4e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 
261 aa  261  6e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.812252  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  57.08 
 
 
245 aa  261  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 
245 aa  258  7e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
245 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.821225  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
245 aa  256  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45430  short chain dehydrogenase  57.38 
 
 
245 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.33 
 
 
250 aa  248  5e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.146293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3856  short chain dehydrogenase  56.12 
 
 
245 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.46 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.63 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
247 aa  235  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.963194  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
247 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
246 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06450  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01040)  44.13 
 
 
247 aa  202  4e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
243 aa  202  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
242 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  48.36 
 
 
255 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
249 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
250 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
262 aa  189  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
249 aa  186  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
286 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.361512 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
247 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.44 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.33 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
236 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  42.46 
 
 
264 aa  181  1e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
251 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
242 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
246 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  41.8 
 
 
246 aa  180  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.33 
 
 
249 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
249 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00146  oxidoreductase, putative (Eurofung)  38.8 
 
 
265 aa  177  1e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.465009  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.91 
 
 
246 aa  177  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  41.49 
 
 
243 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.04 
 
 
246 aa  176  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.91 
 
 
246 aa  177  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.04 
 
 
246 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
249 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
253 aa  176  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.11 
 
 
253 aa  175  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.21 
 
 
246 aa  175  6e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
255 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
248 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
244 aa  174  8e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
248 aa  174  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.34 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.39 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>