More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2453 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  490  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.73 
 
 
249 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80 
 
 
250 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.8 
 
 
250 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  73.2 
 
 
250 aa  316  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.85 
 
 
248 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
250 aa  287  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
248 aa  285  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
248 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
248 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 
262 aa  280  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
248 aa  278  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
248 aa  278  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
249 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
249 aa  276  3e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
248 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  58.78 
 
 
248 aa  271  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
248 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
248 aa  268  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
248 aa  267  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
248 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 
248 aa  259  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
274 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
248 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
248 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
271 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
249 aa  251  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
255 aa  246  2e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
251 aa  244  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
249 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
251 aa  231  8.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.78 
 
 
251 aa  219  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  48.36 
 
 
246 aa  218  5e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
249 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
246 aa  196  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
246 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
247 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
247 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
246 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
252 aa  193  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.15 
 
 
247 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
246 aa  188  8e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
247 aa  186  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
250 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
245 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
247 aa  184  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  39.13 
 
 
264 aa  182  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.44 
 
 
246 aa  182  3e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.44 
 
 
246 aa  182  3e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.63 
 
 
269 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
246 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
255 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
245 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  44.62 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.13 
 
 
246 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
245 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
245 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
245 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
245 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.5 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.5 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.5 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  44.9 
 
 
255 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.97 
 
 
246 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
245 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
247 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
255 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
261 aa  176  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
261 aa  176  4e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.68 
 
 
246 aa  175  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  44.09 
 
 
248 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
254 aa  174  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  43.72 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
247 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
249 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
247 aa  171  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.28 
 
 
246 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
245 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
251 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  41.43 
 
 
273 aa  171  1e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  41.04 
 
 
261 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>