More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2222 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.2 
 
 
249 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80 
 
 
249 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.8 
 
 
250 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  77.2 
 
 
250 aa  332  3e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
250 aa  292  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
249 aa  278  5e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 
248 aa  275  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
249 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
248 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
248 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
248 aa  265  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
248 aa  263  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
248 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
248 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.38 
 
 
248 aa  261  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
262 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
248 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 
248 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
248 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
248 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.98 
 
 
248 aa  258  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
249 aa  256  2e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
248 aa  254  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  56.4 
 
 
248 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 
248 aa  248  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
271 aa  248  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
249 aa  248  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
255 aa  244  6.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  48.97 
 
 
246 aa  229  4e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
251 aa  227  1e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
251 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
249 aa  212  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
250 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
246 aa  188  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
249 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  45.49 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
247 aa  180  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.21 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.21 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
247 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.9 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
249 aa  178  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
246 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
258 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
269 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
246 aa  175  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
247 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.98 
 
 
244 aa  175  7e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  42.68 
 
 
273 aa  174  8e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
254 aa  174  9e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  44 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.5 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  44 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  45.34 
 
 
261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.03 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  43.62 
 
 
243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
245 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
261 aa  171  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
248 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
248 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  42.91 
 
 
253 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  42.91 
 
 
253 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  42.91 
 
 
253 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  45.16 
 
 
247 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  41.7 
 
 
248 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  42.91 
 
 
253 aa  169  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
248 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  43.32 
 
 
253 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  44.53 
 
 
248 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
246 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
255 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
248 aa  169  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  42.91 
 
 
253 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
248 aa  168  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  42.52 
 
 
253 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.23 
 
 
248 aa  168  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.08 
 
 
247 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
245 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
260 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
247 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.96 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.41 
 
 
247 aa  166  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
246 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.96 
 
 
255 aa  166  4e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
246 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
245 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
246 aa  165  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>