More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3542 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
250 aa  258  6e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
251 aa  250  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
248 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
248 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
248 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
262 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
249 aa  240  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
271 aa  238  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
248 aa  236  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  53.69 
 
 
246 aa  237  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
249 aa  235  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
248 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
248 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
248 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
248 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
248 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
248 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
249 aa  228  8e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
248 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
248 aa  226  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  53.66 
 
 
248 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
255 aa  222  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
248 aa  221  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
248 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
250 aa  220  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
274 aa  218  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
251 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
246 aa  203  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
249 aa  199  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
249 aa  199  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
247 aa  198  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
251 aa  186  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  44.18 
 
 
254 aa  185  5e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  44.67 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
255 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
254 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
254 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
255 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
250 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  43.39 
 
 
246 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
247 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
246 aa  175  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
243 aa  175  6e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
247 aa  174  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.56 
 
 
269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
246 aa  172  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
254 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
247 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
248 aa  169  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 
246 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
247 aa  168  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 
247 aa  168  8e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
260 aa  168  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
243 aa  167  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
257 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
245 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
254 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
254 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
252 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  47.77 
 
 
250 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  38.75 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
257 aa  165  8e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
295 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  39.02 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
295 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
252 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06450  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01040)  40.48 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
254 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00146  oxidoreductase, putative (Eurofung)  37.4 
 
 
265 aa  161  8.000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.465009  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
295 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
254 aa  161  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
252 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
252 aa  160  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
252 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.56 
 
 
247 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.56 
 
 
247 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>