More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5538 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.9 
 
 
255 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.73 
 
 
255 aa  481  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.92 
 
 
263 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 
252 aa  242  3e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 
252 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 
252 aa  241  9e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 
252 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  51.39 
 
 
252 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
257 aa  235  6e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  51 
 
 
252 aa  234  7e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  51.39 
 
 
252 aa  234  9e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  51.39 
 
 
252 aa  234  9e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  51 
 
 
252 aa  233  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 
257 aa  232  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 
254 aa  232  5e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 
254 aa  230  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  48.62 
 
 
254 aa  229  3e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  49.01 
 
 
257 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  49.01 
 
 
257 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  48.22 
 
 
254 aa  226  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  48.61 
 
 
254 aa  225  4e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
253 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
254 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
254 aa  202  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
254 aa  202  5e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.43 
 
 
252 aa  195  6e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
250 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
254 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.260797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5176  short-chain dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  185  8e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0340709  hitchhiker  0.00401231 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
253 aa  180  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0613473  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
243 aa  178  8e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
262 aa  178  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
247 aa  178  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
257 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
252 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
251 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
251 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
251 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
246 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
254 aa  176  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
255 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
250 aa  175  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
261 aa  175  8e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  42.23 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
249 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
277 aa  171  9e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
243 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
249 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3076  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
254 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575838  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.23 
 
 
247 aa  169  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  170  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
248 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
249 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
249 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
252 aa  168  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
256 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
252 aa  166  4e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
247 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
256 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
248 aa  165  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  40.64 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
254 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
265 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.11 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.71 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.9 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
247 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  39.36 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
247 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
247 aa  161  8.000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  161  9e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  161  9e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  161  9e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
246 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
246 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>