More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3555 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.84 
 
 
248 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  60.91 
 
 
249 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  59.67 
 
 
249 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.85 
 
 
249 aa  283  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  60.24 
 
 
249 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  60.91 
 
 
249 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  60.08 
 
 
249 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.67 
 
 
249 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.88 
 
 
249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.88 
 
 
249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.88 
 
 
249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.88 
 
 
249 aa  268  5e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.47 
 
 
254 aa  268  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
248 aa  267  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  60.73 
 
 
247 aa  265  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
250 aa  263  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
251 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
251 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
251 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.38 
 
 
246 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  58.13 
 
 
253 aa  254  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.94 
 
 
250 aa  254  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  58.54 
 
 
256 aa  254  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.47 
 
 
255 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
248 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 
242 aa  246  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  55.87 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.35 
 
 
250 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
247 aa  237  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
248 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
248 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
248 aa  235  6e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.38 
 
 
246 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
246 aa  231  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
247 aa  225  5.0000000000000005e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  222  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
246 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.07 
 
 
246 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.07 
 
 
246 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.9 
 
 
246 aa  218  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 
248 aa  218  7e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
247 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
246 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
247 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.13 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  48.15 
 
 
243 aa  210  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
246 aa  209  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  48.15 
 
 
243 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
246 aa  208  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
248 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
246 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
248 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
246 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
248 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  47.3 
 
 
237 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
246 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
246 aa  201  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  46.89 
 
 
237 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  46.47 
 
 
237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  46.89 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  48.13 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  48.13 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  46.47 
 
 
237 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  47.3 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  47.3 
 
 
237 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  47.3 
 
 
237 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  47.3 
 
 
237 aa  195  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  48.54 
 
 
237 aa  195  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
243 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
246 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  46.47 
 
 
237 aa  192  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  46.06 
 
 
237 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
255 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
247 aa  190  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
246 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.86 
 
 
247 aa  181  7e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
247 aa  179  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
246 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
265 aa  179  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
251 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0320878 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
246 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
251 aa  174  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  174  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>