More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3838 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.57 
 
 
242 aa  270  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50.42 
 
 
248 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  49.15 
 
 
249 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.58 
 
 
249 aa  218  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
251 aa  214  9e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
251 aa  214  9e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
251 aa  214  9e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.16 
 
 
248 aa  210  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.73 
 
 
249 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.73 
 
 
249 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.73 
 
 
249 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  48.73 
 
 
247 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
246 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.45 
 
 
249 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.25 
 
 
249 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.45 
 
 
249 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.45 
 
 
249 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  194  9e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
254 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  48.15 
 
 
247 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  45.56 
 
 
256 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.46 
 
 
248 aa  192  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
248 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  47.03 
 
 
253 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
246 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
247 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
249 aa  186  4e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
248 aa  185  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
245 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
261 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
247 aa  177  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
248 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
248 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
248 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  45.45 
 
 
255 aa  175  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
246 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.53 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.07 
 
 
250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.7 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.7 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
246 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
247 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
246 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
253 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
246 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
246 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
247 aa  168  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
247 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
246 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.82 
 
 
244 aa  167  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.15 
 
 
247 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.64 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
247 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.57 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
245 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.04 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3100  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.96 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  41.5 
 
 
256 aa  161  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
246 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
246 aa  160  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 
246 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
248 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
247 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2429  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.32 
 
 
247 aa  159  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047151  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
249 aa  159  5e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.23 
 
 
246 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1415  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
248 aa  159  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.949681  normal  0.622645 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  41.42 
 
 
245 aa  158  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
250 aa  158  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
253 aa  158  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  39.92 
 
 
247 aa  158  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
246 aa  158  8e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
247 aa  158  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
246 aa  158  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0974  acetoin reductase  41.7 
 
 
257 aa  157  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.8 
 
 
269 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.02 
 
 
238 aa  157  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
246 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
245 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 
245 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
245 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
254 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0303  acetoin reductase  41.11 
 
 
257 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.506804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
246 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
254 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.84 
 
 
250 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  41.49 
 
 
237 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>