More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1892 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
249 aa  497  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  96.39 
 
 
249 aa  483  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  79.51 
 
 
248 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  76.31 
 
 
249 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  76.31 
 
 
249 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  75.9 
 
 
249 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  75.1 
 
 
249 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.29 
 
 
249 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  66.8 
 
 
254 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.98 
 
 
249 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.98 
 
 
249 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.57 
 
 
249 aa  331  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.57 
 
 
249 aa  330  9e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  70.56 
 
 
250 aa  329  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  71.37 
 
 
250 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  66.26 
 
 
256 aa  306  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  63.79 
 
 
247 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  62.7 
 
 
247 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  63.79 
 
 
253 aa  295  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.85 
 
 
246 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.44 
 
 
248 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
251 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
251 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
251 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
246 aa  274  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.91 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.61 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 
246 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
248 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
248 aa  266  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
250 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
253 aa  259  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
248 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
248 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.73 
 
 
261 aa  258  8e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
246 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
247 aa  258  9e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
248 aa  257  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
247 aa  256  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
246 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
246 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
246 aa  254  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
255 aa  252  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
246 aa  248  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
248 aa  247  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
247 aa  247  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 
246 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
246 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  53.75 
 
 
243 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  53.75 
 
 
243 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
246 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
246 aa  235  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
248 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
246 aa  233  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.5 
 
 
243 aa  232  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
245 aa  231  9e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
237 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  51.85 
 
 
237 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  51.85 
 
 
237 aa  229  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  51.44 
 
 
237 aa  228  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  51.44 
 
 
237 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
245 aa  227  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  51.44 
 
 
237 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  51.44 
 
 
237 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  52.08 
 
 
237 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
246 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  50.62 
 
 
237 aa  225  6e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  51.67 
 
 
237 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  50.62 
 
 
237 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  49.59 
 
 
237 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  51.67 
 
 
237 aa  222  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  51.25 
 
 
237 aa  222  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  51.25 
 
 
237 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
247 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 
248 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
248 aa  210  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
249 aa  209  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  208  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2966  oxidoreductase  50.41 
 
 
237 aa  208  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.959173  normal  0.0725779 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
250 aa  191  8e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  191  8e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
248 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.34 
 
 
247 aa  189  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
255 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
254 aa  178  9e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.507432  normal  0.250737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
247 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.35 
 
 
250 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
265 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.53 
 
 
249 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  44.62 
 
 
255 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.56 
 
 
251 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
251 aa  175  5e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  43.44 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  41.08 
 
 
247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>