More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2430 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  477  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.19 
 
 
246 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.72 
 
 
246 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.72 
 
 
246 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.9 
 
 
246 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.12 
 
 
246 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.68 
 
 
246 aa  424  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
246 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.96 
 
 
247 aa  295  5e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.32 
 
 
248 aa  288  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.45 
 
 
246 aa  286  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.23 
 
 
246 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.82 
 
 
246 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.07 
 
 
246 aa  277  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.92 
 
 
247 aa  277  1e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.67 
 
 
261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 
248 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 
249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  56.97 
 
 
249 aa  263  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  56.97 
 
 
249 aa  260  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.51 
 
 
248 aa  258  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 
246 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  56.3 
 
 
243 aa  245  6e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  55.97 
 
 
243 aa  245  6e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.42 
 
 
249 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.58 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55 
 
 
249 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
254 aa  242  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55 
 
 
249 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.02 
 
 
249 aa  242  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.02 
 
 
249 aa  241  9e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
247 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
248 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
247 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.73 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  54.17 
 
 
253 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
246 aa  229  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
248 aa  228  8e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.56 
 
 
250 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.28 
 
 
255 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
247 aa  221  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
243 aa  221  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
246 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
246 aa  216  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
248 aa  211  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  51.25 
 
 
256 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
248 aa  208  8e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
248 aa  208  8e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.17 
 
 
248 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
250 aa  197  9e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
248 aa  195  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
249 aa  192  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
248 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
237 aa  184  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  184  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  184  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
255 aa  184  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  47.93 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
242 aa  182  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  46.28 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  46.28 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  46.31 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  45.97 
 
 
255 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
251 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0320878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
248 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.56 
 
 
251 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
247 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
254 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
254 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
249 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
250 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
249 aa  156  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
249 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
262 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.62 
 
 
247 aa  155  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
247 aa  155  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>