More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1428 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
249 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  97.19 
 
 
249 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  96.39 
 
 
249 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  89.96 
 
 
249 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  77.11 
 
 
248 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  76.31 
 
 
249 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  75.9 
 
 
249 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.1 
 
 
249 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  74.59 
 
 
250 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  74.18 
 
 
250 aa  315  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.25 
 
 
249 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.25 
 
 
249 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.25 
 
 
254 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  69.76 
 
 
256 aa  311  7.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.85 
 
 
249 aa  310  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.85 
 
 
249 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  67.62 
 
 
247 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  64.54 
 
 
253 aa  301  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  65.16 
 
 
247 aa  299  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 
246 aa  291  7e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.92 
 
 
248 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
251 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
251 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
251 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 
246 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.07 
 
 
246 aa  280  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.51 
 
 
248 aa  278  7e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
246 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
246 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
261 aa  257  1e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
250 aa  257  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
247 aa  254  7e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
255 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
247 aa  253  3e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.83 
 
 
246 aa  248  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.77 
 
 
246 aa  247  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
247 aa  246  4e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.08 
 
 
253 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
246 aa  241  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.75 
 
 
246 aa  240  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
248 aa  240  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
246 aa  239  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.2 
 
 
245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.67 
 
 
246 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  54.58 
 
 
243 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  54.58 
 
 
243 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 
242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  52.87 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  52.87 
 
 
237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 
246 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
246 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  52.05 
 
 
237 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  52.05 
 
 
237 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  54.1 
 
 
237 aa  228  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
243 aa  227  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  52.26 
 
 
237 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  52.26 
 
 
237 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.43 
 
 
246 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  52.26 
 
 
237 aa  224  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.33 
 
 
246 aa  224  8e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  52.26 
 
 
237 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  51.85 
 
 
237 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.2 
 
 
248 aa  222  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
245 aa  221  7e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
249 aa  219  3e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
248 aa  218  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
248 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.73 
 
 
247 aa  207  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2966  oxidoreductase  53.59 
 
 
237 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.959173  normal  0.0725779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
255 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  47.3 
 
 
247 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  47.58 
 
 
255 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  45.83 
 
 
247 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  48.81 
 
 
255 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.94 
 
 
247 aa  190  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
248 aa  189  4e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
246 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
265 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
245 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
247 aa  181  8.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.57 
 
 
251 aa  181  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
246 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>