More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2813 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
254 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  96.39 
 
 
249 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  96.39 
 
 
249 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  95.58 
 
 
249 aa  480  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  94.78 
 
 
249 aa  479  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.28 
 
 
249 aa  357  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  66.8 
 
 
249 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  66.67 
 
 
249 aa  332  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.18 
 
 
248 aa  329  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  63.05 
 
 
249 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.65 
 
 
249 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.25 
 
 
249 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.65 
 
 
249 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  65.99 
 
 
250 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  66.4 
 
 
250 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  55.28 
 
 
247 aa  276  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  57.72 
 
 
247 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  56.57 
 
 
253 aa  270  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  57.09 
 
 
256 aa  268  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
248 aa  266  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
246 aa  265  7e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
246 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
253 aa  255  4e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 
246 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
248 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
248 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
246 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
250 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
248 aa  246  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
248 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.63 
 
 
255 aa  241  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
261 aa  241  1e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
246 aa  239  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
246 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
248 aa  238  5e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
248 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
246 aa  231  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
247 aa  229  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
246 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
246 aa  228  9e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
246 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
243 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
247 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 
245 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
248 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  48.98 
 
 
237 aa  218  6e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
246 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
248 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
248 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
246 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  46.72 
 
 
237 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
237 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  45.27 
 
 
237 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  45.27 
 
 
237 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  205  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
246 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
248 aa  205  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  204  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
245 aa  204  9e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.11 
 
 
242 aa  204  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  46.31 
 
 
237 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  46.31 
 
 
237 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  45.83 
 
 
243 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  44.86 
 
 
237 aa  201  6e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  45.83 
 
 
243 aa  201  8e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  45.9 
 
 
237 aa  201  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  45.49 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
249 aa  194  9e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
247 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
250 aa  190  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2966  oxidoreductase  44.31 
 
 
237 aa  180  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.959173  normal  0.0725779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
255 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
248 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
249 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
247 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
247 aa  171  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
251 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.13 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.507432  normal  0.250737 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
247 aa  162  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 
247 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
247 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>