More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2294 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.19 
 
 
246 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.72 
 
 
246 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.72 
 
 
246 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.9 
 
 
246 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.12 
 
 
246 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.68 
 
 
246 aa  424  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.26 
 
 
246 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.14 
 
 
247 aa  291  9e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.32 
 
 
248 aa  288  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
246 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.04 
 
 
246 aa  285  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.82 
 
 
246 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
246 aa  276  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 
247 aa  276  3e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.25 
 
 
261 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  57.38 
 
 
249 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 
249 aa  265  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  57.38 
 
 
249 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.92 
 
 
248 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
248 aa  254  7e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.41 
 
 
246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
253 aa  251  6e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
245 aa  251  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  56.25 
 
 
249 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.42 
 
 
249 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.83 
 
 
249 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.83 
 
 
249 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
249 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
249 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  55.88 
 
 
243 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  55.56 
 
 
243 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.43 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.02 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.02 
 
 
249 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
247 aa  241  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
248 aa  241  7e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
247 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
251 aa  232  3e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
251 aa  232  3e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
251 aa  232  3e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.32 
 
 
250 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
246 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  53.75 
 
 
253 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
245 aa  229  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
248 aa  228  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.14 
 
 
250 aa  224  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
255 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  52.5 
 
 
247 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
246 aa  218  7e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.16 
 
 
243 aa  216  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
248 aa  210  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
256 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
248 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
250 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
249 aa  195  7e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
248 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  47.93 
 
 
237 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  46.69 
 
 
237 aa  182  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
255 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 
242 aa  181  8.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  46.28 
 
 
237 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  46.28 
 
 
237 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
251 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0320878 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  45.9 
 
 
255 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.97 
 
 
251 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  45.56 
 
 
255 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  168  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
254 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
254 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
248 aa  165  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
249 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
250 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
249 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
262 aa  156  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.62 
 
 
247 aa  156  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.34 
 
 
247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
248 aa  155  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>