More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3728 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.59 
 
 
246 aa  477  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.9 
 
 
246 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.83 
 
 
246 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.93 
 
 
246 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.17 
 
 
246 aa  357  7e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.29 
 
 
246 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.03 
 
 
247 aa  322  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
245 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.6 
 
 
246 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
246 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  287  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.82 
 
 
246 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.58 
 
 
247 aa  277  1e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.17 
 
 
261 aa  276  3e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
248 aa  268  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
248 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  57.85 
 
 
243 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  57.98 
 
 
243 aa  258  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.75 
 
 
249 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.75 
 
 
249 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  55.33 
 
 
249 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  57.92 
 
 
249 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.61 
 
 
253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.33 
 
 
249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.73 
 
 
249 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.69 
 
 
248 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
247 aa  236  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.39 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
248 aa  231  6e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.39 
 
 
249 aa  231  9e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.39 
 
 
249 aa  231  9e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
248 aa  229  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  52.5 
 
 
253 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
245 aa  228  5e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
243 aa  228  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.57 
 
 
249 aa  228  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.57 
 
 
249 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
246 aa  227  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
246 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
255 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 
248 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
248 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.29 
 
 
250 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
248 aa  221  9e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
248 aa  221  9e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
248 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
247 aa  218  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.69 
 
 
250 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  51.24 
 
 
247 aa  217  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  51.67 
 
 
256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
246 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
246 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
248 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
248 aa  195  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
255 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
248 aa  188  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  47.11 
 
 
237 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  48.39 
 
 
255 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
265 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.15 
 
 
249 aa  181  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  45.87 
 
 
237 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  45.45 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  46.91 
 
 
255 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  46.28 
 
 
237 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
248 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
247 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
237 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  43.8 
 
 
237 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  43.8 
 
 
237 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  44.08 
 
 
237 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  43.8 
 
 
237 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  44.08 
 
 
237 aa  176  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  43.8 
 
 
237 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  43.67 
 
 
237 aa  176  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.34 
 
 
247 aa  175  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0320878 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  43.27 
 
 
237 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.77 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.24 
 
 
247 aa  172  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.9 
 
 
247 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
249 aa  171  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.37 
 
 
251 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>