More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1509 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.6 
 
 
255 aa  332  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.02 
 
 
248 aa  279  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
249 aa  273  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.25 
 
 
249 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.28 
 
 
249 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  52.44 
 
 
249 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.88 
 
 
249 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
247 aa  254  8e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.07 
 
 
249 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
248 aa  251  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
249 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
249 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
254 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.85 
 
 
249 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 
246 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
249 aa  248  8e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
247 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
249 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
261 aa  247  1e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
248 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
248 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.8 
 
 
250 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
248 aa  239  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
246 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
246 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.91 
 
 
250 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  53.5 
 
 
247 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
246 aa  227  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
246 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 
253 aa  225  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  224  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
245 aa  224  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
245 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
253 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
247 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
248 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
248 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
248 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
256 aa  218  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
243 aa  218  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  50.62 
 
 
243 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  51.25 
 
 
243 aa  217  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
248 aa  214  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
246 aa  208  7e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.47 
 
 
246 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
246 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  206  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.45 
 
 
246 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  204  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
248 aa  202  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
248 aa  201  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
247 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  46.09 
 
 
237 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  45.27 
 
 
237 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  44.86 
 
 
237 aa  190  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
237 aa  190  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  45.27 
 
 
237 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  44.86 
 
 
237 aa  190  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  45.27 
 
 
237 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
248 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
242 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  44.44 
 
 
237 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  44.44 
 
 
237 aa  187  9e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  44.73 
 
 
237 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  44.73 
 
 
237 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  44.73 
 
 
237 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  44.73 
 
 
237 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  44.73 
 
 
237 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
251 aa  176  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
255 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
265 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  44.05 
 
 
254 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  44.94 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
247 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
257 aa  165  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  43.25 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
248 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
253 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
248 aa  164  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>