More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2659 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  607  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.51 
 
 
294 aa  436  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.46 
 
 
291 aa  374  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.25 
 
 
293 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  62.63 
 
 
294 aa  361  7.0000000000000005e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  62.28 
 
 
291 aa  341  1e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
284 aa  315  4e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.45 
 
 
282 aa  306  3e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.25 
 
 
285 aa  306  3e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
278 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
296 aa  241  7.999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
285 aa  237  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.94 
 
 
286 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
255 aa  228  6e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  45.31 
 
 
254 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  45.92 
 
 
291 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.17 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  46.9 
 
 
254 aa  206  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.37 
 
 
290 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
254 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
254 aa  205  9e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
254 aa  205  9e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
256 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
256 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
256 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  46.3 
 
 
254 aa  204  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
256 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
290 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
264 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
290 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
290 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
254 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
301 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
264 aa  188  7e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
269 aa  170  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
287 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
260 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
282 aa  155  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
303 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
256 aa  152  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.73 
 
 
323 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
255 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.73 
 
 
286 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.73 
 
 
286 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
257 aa  149  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.73 
 
 
286 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
306 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
294 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
259 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
298 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
266 aa  142  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
302 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
258 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
266 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
268 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.54 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.73 
 
 
248 aa  139  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.13 
 
 
255 aa  139  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.86 
 
 
247 aa  139  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
286 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.54 
 
 
246 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
275 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.54 
 
 
246 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
294 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.4 
 
 
249 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
265 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
306 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  33.08 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  33.2 
 
 
289 aa  133  3e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
273 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
266 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
255 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 
273 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
275 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 
273 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
245 aa  132  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 
259 aa  132  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  30.18 
 
 
292 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
255 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  30.18 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>