More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2397 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  100 
 
 
275 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  93.75 
 
 
275 aa  518  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  93.38 
 
 
275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  93.56 
 
 
265 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  89.71 
 
 
273 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  89.71 
 
 
273 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  88.97 
 
 
273 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  88.6 
 
 
273 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  88.97 
 
 
273 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  80.15 
 
 
270 aa  431  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  78.57 
 
 
280 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  75.09 
 
 
271 aa  407  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  75.28 
 
 
268 aa  401  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  71.91 
 
 
272 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  59.14 
 
 
273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
268 aa  259  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.64 
 
 
275 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
268 aa  259  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 
271 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  53.78 
 
 
277 aa  248  1e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  48.4 
 
 
266 aa  235  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  46.3 
 
 
267 aa  231  8.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
263 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  48 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1336  short chain dehydrogenase  47.2 
 
 
263 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.0949084 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5509  putative 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  50.56 
 
 
191 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  42 
 
 
288 aa  177  1e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  40.08 
 
 
292 aa  168  9e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
264 aa  160  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07770  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G07470)  36.86 
 
 
315 aa  159  4e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0479246 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 
254 aa  158  7e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  41.38 
 
 
264 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
255 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  38.37 
 
 
289 aa  154  1e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
254 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
254 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 
254 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.4 
 
 
254 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.48 
 
 
257 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
293 aa  145  9e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
303 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
269 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  37 
 
 
296 aa  142  7e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
282 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  34.65 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
252 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
287 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
306 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
252 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
266 aa  135  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.25 
 
 
234 aa  133  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
285 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
258 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
286 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  33.33 
 
 
289 aa  127  1.0000000000000001e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  35.09 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
266 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 
285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
247 aa  125  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
298 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.52 
 
 
251 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
249 aa  125  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
308 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
244 aa  124  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 
245 aa  124  2e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
266 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
248 aa  123  3e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  32.66 
 
 
263 aa  123  3e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
249 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
257 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
248 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
255 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1872  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
241 aa  123  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.105262 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1151  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.22 
 
 
234 aa  123  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.256582 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>