More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2728 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
306 aa  631  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.15 
 
 
306 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.72 
 
 
294 aa  381  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 
292 aa  368  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.67 
 
 
298 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.48 
 
 
289 aa  328  7e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.45 
 
 
289 aa  326  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
295 aa  325  7e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
295 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.79 
 
 
288 aa  318  1e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  53.77 
 
 
292 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  53.08 
 
 
292 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.72 
 
 
294 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.18 
 
 
323 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.78 
 
 
304 aa  308  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.64 
 
 
286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.64 
 
 
286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  54.9 
 
 
286 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.15 
 
 
290 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  43.46 
 
 
289 aa  200  3e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
292 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
286 aa  166  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
287 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
264 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
308 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
254 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
269 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
284 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 
254 aa  149  7e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
254 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
256 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
256 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
254 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
256 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
256 aa  146  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
254 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
256 aa  143  4e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
270 aa  143  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  35.16 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
265 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
293 aa  139  7.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
266 aa  138  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
272 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
275 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
275 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
248 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
257 aa  136  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
272 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  136  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
272 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.66 
 
 
245 aa  136  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
275 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
245 aa  135  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
273 aa  135  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
273 aa  135  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
296 aa  135  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.46 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.14 
 
 
244 aa  133  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 
271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
273 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  32.43 
 
 
294 aa  132  9e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
256 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
258 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
247 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 
260 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
255 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  33.7 
 
 
265 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 
259 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
285 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
248 aa  130  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
258 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.81 
 
 
245 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.14 
 
 
248 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.518132  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
261 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.93 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
258 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.55 
 
 
245 aa  129  6e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
252 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.4 
 
 
245 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
246 aa  129  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>