More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3946 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
289 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  80.41 
 
 
292 aa  481  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  80.76 
 
 
292 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.39 
 
 
289 aa  447  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.94 
 
 
288 aa  401  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.24 
 
 
298 aa  362  4e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.99 
 
 
294 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 
295 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.42 
 
 
295 aa  345  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.9 
 
 
294 aa  345  6e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.25 
 
 
304 aa  339  4e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.28 
 
 
290 aa  338  9e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 
292 aa  333  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  58.89 
 
 
286 aa  330  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.89 
 
 
323 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.89 
 
 
286 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.89 
 
 
286 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.83 
 
 
306 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.45 
 
 
306 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
282 aa  216  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  41.86 
 
 
289 aa  192  5e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
286 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
292 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
269 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
264 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
308 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
287 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
255 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 
260 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
266 aa  149  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
291 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
271 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 
247 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
258 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  143  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
277 aa  142  9e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.68 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
266 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
268 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
268 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
260 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  33.07 
 
 
288 aa  137  2e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
264 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.01 
 
 
245 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0623  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.5 
 
 
260 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
245 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
247 aa  136  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
290 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.518132  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
258 aa  136  5e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  31.91 
 
 
292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.52 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.66 
 
 
249 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
254 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
252 aa  133  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
293 aa  133  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
256 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.13 
 
 
249 aa  132  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
265 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  37.96 
 
 
262 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
303 aa  132  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.25 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  32.14 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
270 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  32.57 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0999  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.17 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
257 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
253 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260507  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.48 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0982  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.26 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.85 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 
268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1837  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 
256 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
263 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
249 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
245 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>