More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3507 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
294 aa  600  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.86 
 
 
304 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.59 
 
 
295 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.24 
 
 
295 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.48 
 
 
288 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.95 
 
 
298 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.14 
 
 
289 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.99 
 
 
289 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  61.64 
 
 
292 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  61.3 
 
 
292 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
294 aa  351  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.22 
 
 
323 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.22 
 
 
286 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  61.77 
 
 
286 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.22 
 
 
286 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
292 aa  343  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.74 
 
 
306 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.72 
 
 
306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
290 aa  304  9.000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.17 
 
 
282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  41.4 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
264 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
269 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.518132  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
287 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
255 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
254 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
308 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
292 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
286 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.64 
 
 
247 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
260 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.65 
 
 
249 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
259 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.8 
 
 
249 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.4 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
244 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
249 aa  145  9e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
296 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
246 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
254 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05161  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.77 
 
 
249 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.426884  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
245 aa  143  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.25 
 
 
250 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
257 aa  142  8e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
256 aa  142  8e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.03 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.54 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
247 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.03 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.18 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.1 
 
 
245 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
254 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  32.27 
 
 
289 aa  139  6e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
245 aa  139  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
256 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
253 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  139  7e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  139  7e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 
264 aa  139  7e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
267 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
244 aa  138  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
256 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
256 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
261 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
255 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
256 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
254 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.18 
 
 
246 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
252 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
254 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
252 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
245 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
258 aa  136  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
245 aa  136  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0684  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.74 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>