More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2249 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  530  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.77 
 
 
261 aa  384  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.71 
 
 
258 aa  270  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.67 
 
 
264 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
259 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  228  7e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
251 aa  221  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
244 aa  221  9e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
251 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
245 aa  219  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.83 
 
 
252 aa  219  5e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
260 aa  214  9e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  211  7e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
253 aa  210  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
249 aa  210  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
245 aa  208  7e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
248 aa  207  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
248 aa  207  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  43.53 
 
 
260 aa  198  6e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
251 aa  198  7.999999999999999e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.694744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
251 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
250 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000504993 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
254 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.540282 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
260 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.11 
 
 
250 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.05 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
252 aa  178  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
256 aa  178  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  39.06 
 
 
257 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.48 
 
 
246 aa  176  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
282 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
282 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
282 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
251 aa  176  5e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
246 aa  175  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
276 aa  175  6e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.87 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.86 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
253 aa  171  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
176 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.406205  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
280 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 
244 aa  170  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
287 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
245 aa  170  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
248 aa  169  4e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.88 
 
 
257 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.48 
 
 
246 aa  169  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
261 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
280 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
261 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
257 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
268 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
280 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.62 
 
 
259 aa  165  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
262 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.57 
 
 
258 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.64 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.218659  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  38.58 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.11 
 
 
247 aa  162  6e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  38.49 
 
 
247 aa  162  6e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
261 aa  162  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  39.69 
 
 
282 aa  162  7e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
274 aa  162  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.91 
 
 
262 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
246 aa  161  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.52 
 
 
258 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.52 
 
 
258 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.38 
 
 
258 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.52 
 
 
258 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
252 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.52 
 
 
258 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
264 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>