246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2554 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2554  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
225 aa  464  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531309  normal  0.0738389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.12 
 
 
221 aa  175  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2092  cyclic nucleotide-binding protein  34.12 
 
 
223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.052922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.35 
 
 
230 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.1 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
230 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.47 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.2 
 
 
241 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
241 aa  65.1  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
231 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.73 
 
 
229 aa  63.2  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  26.47 
 
 
214 aa  62  0.000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
236 aa  61.6  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.35 
 
 
239 aa  61.6  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0270  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.54 
 
 
269 aa  61.6  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.597021 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.26 
 
 
227 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
227 aa  61.6  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  23.58 
 
 
250 aa  60.5  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
229 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  23.15 
 
 
223 aa  60.8  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 
239 aa  59.7  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
239 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.76 
 
 
231 aa  59.3  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.36 
 
 
233 aa  59.3  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
225 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1411  cyclic nucleotide-binding protein  23.32 
 
 
281 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.951515  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
226 aa  58.9  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  25.41 
 
 
239 aa  58.9  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.18 
 
 
226 aa  58.5  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.96 
 
 
224 aa  58.5  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1200  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.63 
 
 
233 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0841805  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
236 aa  58.2  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
229 aa  58.5  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.79 
 
 
229 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
233 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
263 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
233 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.2 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.2 
 
 
239 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 
235 aa  56.6  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.94 
 
 
227 aa  57  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.44 
 
 
225 aa  56.2  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  21.99 
 
 
226 aa  56.2  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.42 
 
 
223 aa  55.5  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
246 aa  55.1  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3403  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.51 
 
 
245 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.878713  normal  0.236856 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 
348 aa  54.7  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.33 
 
 
258 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
236 aa  54.3  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.85 
 
 
228 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.71 
 
 
246 aa  53.9  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 
226 aa  53.9  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.71 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09560  cAMP-binding protein  25.39 
 
 
231 aa  53.5  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.348668  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  23 
 
 
247 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
247 aa  53.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  22.05 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0642  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.37 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.73 
 
 
225 aa  53.1  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
227 aa  52.8  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.08 
 
 
225 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.15 
 
 
232 aa  52.4  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.62 
 
 
242 aa  52.4  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.77 
 
 
234 aa  52.4  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
261 aa  52.4  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0689  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  24.27 
 
 
200 aa  52.4  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.77 
 
 
249 aa  52  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
224 aa  52  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.35 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.08 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  25.37 
 
 
249 aa  51.2  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  23.44 
 
 
224 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.1 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  22.28 
 
 
220 aa  50.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.92 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1550  protein YieJ  23.68 
 
 
212 aa  50.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.28 
 
 
230 aa  50.4  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3141  cyclic nucleotide-binding protein  23.53 
 
 
249 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0400922  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.59 
 
 
226 aa  50.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.23 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.23 
 
 
234 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  21.47 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.69 
 
 
227 aa  49.7  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1971  transcriptional regulator  22.54 
 
 
237 aa  50.1  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  25.6 
 
 
249 aa  49.7  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  25.58 
 
 
214 aa  49.7  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0733  cyclic nucleotide-binding protein  23.79 
 
 
232 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.08 
 
 
242 aa  49.7  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>