172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1200 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1200  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
233 aa  478  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0841805  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
221 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.8 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2092  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 
223 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.052922  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
229 aa  63.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  29.71 
 
 
235 aa  63.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.67 
 
 
220 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
228 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
229 aa  58.9  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2554  cyclic nucleotide-binding protein  21.63 
 
 
225 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531309  normal  0.0738389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.46 
 
 
232 aa  58.5  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.49 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1411  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 
281 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.951515  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  19.65 
 
 
230 aa  57  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.35 
 
 
229 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.39 
 
 
229 aa  56.2  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.04 
 
 
224 aa  56.2  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0796  cyclic nucleotide-binding protein  23.86 
 
 
238 aa  56.2  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
231 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
248 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
225 aa  55.8  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.37 
 
 
225 aa  55.5  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
226 aa  55.5  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.29 
 
 
230 aa  55.1  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.3 
 
 
226 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0270  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
269 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.597021 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.35 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.05 
 
 
227 aa  53.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
241 aa  52.8  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.88 
 
 
225 aa  53.1  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.28 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.16 
 
 
226 aa  52.4  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.26 
 
 
229 aa  52.4  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 
246 aa  52.4  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
227 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
227 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 
231 aa  51.2  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.42 
 
 
222 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  24.69 
 
 
232 aa  50.4  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
232 aa  49.7  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1040  cyclic nucleotide-binding protein  22.95 
 
 
238 aa  49.3  0.00005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.464794 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
247 aa  48.9  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.42 
 
 
350 aa  48.9  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  23.9 
 
 
352 aa  48.9  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 
236 aa  49.3  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.43 
 
 
222 aa  48.9  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
224 aa  48.9  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  25.82 
 
 
235 aa  48.9  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0733  cyclic nucleotide-binding protein  23.65 
 
 
232 aa  48.5  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
263 aa  48.5  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  25.27 
 
 
243 aa  48.5  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  24.37 
 
 
228 aa  48.5  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
246 aa  48.5  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
230 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
227 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  23.37 
 
 
285 aa  48.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.81 
 
 
225 aa  47.4  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  24.28 
 
 
216 aa  47  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.21 
 
 
243 aa  47.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
218 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.38 
 
 
224 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.31 
 
 
232 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
233 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  25.14 
 
 
259 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  25.14 
 
 
262 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  29.33 
 
 
225 aa  47.4  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
227 aa  47.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
231 aa  47  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2036  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
255 aa  46.6  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.411103  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.3 
 
 
226 aa  47  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 
226 aa  47  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.16 
 
 
233 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
231 aa  47  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.69 
 
 
226 aa  46.6  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
224 aa  47  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  25.34 
 
 
227 aa  47  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  22.16 
 
 
211 aa  46.2  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 
228 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
246 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.13 
 
 
226 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 
223 aa  45.8  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
231 aa  45.8  0.0006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
262 aa  45.8  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
247 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
224 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
231 aa  45.8  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.49 
 
 
212 aa  45.4  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.89 
 
 
224 aa  45.4  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  22.09 
 
 
214 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1232  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
257 aa  45.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235089 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.6 
 
 
233 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
219 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  21.86 
 
 
221 aa  45.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  24.46 
 
 
247 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
224 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 
222 aa  44.7  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.97 
 
 
228 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>