More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4190 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
262 aa  530  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  95.04 
 
 
259 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  91.63 
 
 
251 aa  441  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  89.12 
 
 
285 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  91.4 
 
 
247 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  90.13 
 
 
247 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  90.13 
 
 
247 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  82.59 
 
 
299 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.25 
 
 
304 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.25 
 
 
284 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  81.25 
 
 
284 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.25 
 
 
284 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.9 
 
 
309 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.9 
 
 
289 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  81.9 
 
 
281 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  75.45 
 
 
248 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  65.78 
 
 
248 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  57.52 
 
 
232 aa  259  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  55.95 
 
 
253 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.87 
 
 
232 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.94 
 
 
232 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  44.49 
 
 
259 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  48.64 
 
 
222 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.86 
 
 
252 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.45 
 
 
261 aa  195  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  46.45 
 
 
224 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.76 
 
 
265 aa  193  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.86 
 
 
272 aa  191  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
272 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  42.59 
 
 
228 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
236 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
234 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
251 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.99 
 
 
226 aa  184  9e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  47.06 
 
 
234 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.06 
 
 
234 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
242 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.09 
 
 
230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  40.76 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 
236 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
231 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
231 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
255 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.38 
 
 
161 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
239 aa  99.4  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
239 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.71 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.71 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
239 aa  92  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 
237 aa  92  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.63 
 
 
247 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  31.2 
 
 
239 aa  89  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.14 
 
 
243 aa  89  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.14 
 
 
243 aa  89  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.31 
 
 
239 aa  89  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
241 aa  88.6  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
239 aa  88.6  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
241 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
239 aa  85.5  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
237 aa  85.5  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  29.57 
 
 
226 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
258 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
258 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  27.62 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  27.62 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  27.62 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  27.62 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  27.62 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  26.34 
 
 
229 aa  73.6  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
235 aa  72  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
278 aa  72  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.29 
 
 
230 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
227 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.78 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  26.44 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.79 
 
 
224 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
239 aa  64.7  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.49 
 
 
225 aa  63.5  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  22.62 
 
 
231 aa  63.2  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
260 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
252 aa  62.4  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.77 
 
 
224 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>