More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4294 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
247 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
247 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  98.38 
 
 
247 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  94.07 
 
 
251 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  84.56 
 
 
259 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  87.3 
 
 
262 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  83.4 
 
 
285 aa  410  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81 
 
 
309 aa  370  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  80.36 
 
 
299 aa  371  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  79.91 
 
 
304 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  79.91 
 
 
284 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  79.91 
 
 
284 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  81 
 
 
281 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81 
 
 
289 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  79.91 
 
 
284 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  71.37 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  70.54 
 
 
248 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  55.65 
 
 
253 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  59.72 
 
 
232 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.96 
 
 
232 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.52 
 
 
232 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  50.47 
 
 
259 aa  245  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  50.47 
 
 
222 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.25 
 
 
272 aa  208  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  47.87 
 
 
224 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
272 aa  206  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.33 
 
 
261 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.72 
 
 
265 aa  202  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.62 
 
 
252 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.78 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.05 
 
 
226 aa  195  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.17 
 
 
234 aa  195  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
236 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  42.92 
 
 
228 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
251 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.59 
 
 
234 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  43.59 
 
 
234 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
242 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.36 
 
 
230 aa  178  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  41.28 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.2 
 
 
236 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
231 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
231 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.31 
 
 
161 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
255 aa  137  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
239 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
230 aa  98.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
230 aa  98.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
239 aa  98.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.14 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
241 aa  95.5  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.82 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
241 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
237 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
237 aa  85.9  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  29.82 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
227 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
234 aa  73.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
235 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.88 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.96 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25.59 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.71 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.71 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.71 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.71 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 
243 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
230 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  24 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  24 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
233 aa  65.5  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.43 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.19 
 
 
232 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.26 
 
 
226 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
227 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
225 aa  63.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  22.62 
 
 
231 aa  62  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
237 aa  61.6  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  25.24 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>