More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1089 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
218 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47010  Carbon monoxide oxidation transcription regulator, Crp/Fnr family: CooA  46.31 
 
 
220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.51 
 
 
220 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
222 aa  142  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
219 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3790  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.83 
 
 
226 aa  139  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000171716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4494  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
232 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.164578 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.25 
 
 
224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2046  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3027  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
216 aa  129  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.03 
 
 
226 aa  125  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366643  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0383  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 
225 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.164826  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1134  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.972162  normal  0.0613651 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.7 
 
 
224 aa  118  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0602886  normal  0.0128159 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1233  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.15 
 
 
225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0234193  normal  0.501568 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3237  hypothetical protein  37.57 
 
 
261 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.16 
 
 
280 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 
232 aa  87.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.16 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.59 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
229 aa  79  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
234 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3679  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.170413  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 
226 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.99 
 
 
222 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.04 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25.58 
 
 
226 aa  71.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.1 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
217 aa  68.6  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.75 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.44 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23 
 
 
223 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 
224 aa  67  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.35 
 
 
236 aa  67  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.35 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.36 
 
 
224 aa  65.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2174  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
209 aa  65.5  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.576133 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
220 aa  65.5  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.73 
 
 
228 aa  64.7  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  34.86 
 
 
236 aa  64.3  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25.28 
 
 
231 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
232 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.6 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.84 
 
 
231 aa  63.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  22.75 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25.93 
 
 
221 aa  63.9  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  27.5 
 
 
222 aa  63.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  25.64 
 
 
225 aa  63.2  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1641  hypothetical protein  23.35 
 
 
215 aa  63.2  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0118775  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 
224 aa  63.2  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.64 
 
 
226 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.76 
 
 
222 aa  62.4  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.24 
 
 
227 aa  62  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.26 
 
 
227 aa  61.6  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.58 
 
 
232 aa  61.6  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1896  cyclic nucleotide-binding protein  26.25 
 
 
218 aa  61.6  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
247 aa  61.2  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  33.94 
 
 
239 aa  61.6  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.61 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
238 aa  60.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4027  cyclic nucleotide-binding protein  27.51 
 
 
216 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.357709  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1376  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.33 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.271211  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
227 aa  60.1  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
254 aa  60.1  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.63 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.63 
 
 
236 aa  60.1  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.15 
 
 
224 aa  60.8  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.49 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
227 aa  60.1  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
222 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 
222 aa  59.3  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0244  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
228 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.11 
 
 
225 aa  58.9  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.59 
 
 
242 aa  58.9  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
248 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
231 aa  58.9  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  25.91 
 
 
232 aa  58.5  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.75 
 
 
237 aa  58.5  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
228 aa  58.5  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.34 
 
 
236 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4199  cyclic nucleotide-binding protein  27.64 
 
 
260 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
241 aa  57.8  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.6 
 
 
231 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
236 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  23.32 
 
 
267 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.59 
 
 
225 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.27 
 
 
226 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 
230 aa  57.4  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>