More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3792 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7150  putative oligopeptide ABC transporter (substrate binding protein)  64.85 
 
 		 557 aa  711    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.144912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3381  4-phytase  65.36 
 
 		 560 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0225  extracellular solute-binding protein  63.35 
 
 		 553 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  64.74 
 
 		 555 aa  717    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0380  extracellular solute-binding protein  69.02 
 
 		 566 aa  765    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3376  extracellular solute-binding protein family 5  60.34 
 
 		 552 aa  651    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3792  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 551 aa  1121    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.639455  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0832  4-phytase  63.17 
 
 		 553 aa  692    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0405616  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1932  extracellular solute-binding protein  68.76 
 
 		 586 aa  781    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142751  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0853  extracellular solute-binding protein family 5  65.93 
 
 		 552 aa  750    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2065  extracellular solute-binding protein  66.54 
 
 		 605 aa  716    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414534  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  49.64 
 
 		 534 aa  558  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  50.67 
 
 		 534 aa  548  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0655  extracellular solute-binding protein  50.57 
 
 		 540 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1439  extracellular solute-binding protein family 5  49.81 
 
 		 540 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1277  extracellular solute-binding protein  49.81 
 
 		 598 aa  526  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0290  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 531 aa  491  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.752502  normal  0.021899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7151  ABC transporter substrate-binding protein  44.72 
 
 		 531 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0226  extracellular solute-binding protein  43.25 
 
 		 533 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1219  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 531 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0111682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0833  extracellular solute-binding protein family 5  43.49 
 
 		 532 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  41.67 
 
 		 539 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3602  extracellular solute-binding protein  41.97 
 
 		 539 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170805  hitchhiker  0.00309347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0497  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 		 539 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00026016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0900  4-phytase  40.3 
 
 		 533 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0202096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4619  4-phytase  40.76 
 
 		 544 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.715554  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  32.39 
 
 		 528 aa  209  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.8 
 
 		 520 aa  205  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  31.38 
 
 		 509 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  31.39 
 
 		 531 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.36 
 
 		 541 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 505 aa  152  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.42 
 
 		 534 aa  150  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 		 529 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.96 
 
 		 535 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  29.07 
 
 		 527 aa  146  9e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 		 519 aa  143  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 		 497 aa  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.38 
 
 		 529 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  27.24 
 
 		 509 aa  141  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 528 aa  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 		 565 aa  140  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.08 
 
 		 532 aa  137  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 512 aa  137  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  27.81 
 
 		 503 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  31.52 
 
 		 531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 510 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.6 
 
 		 524 aa  134  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 535 aa  133  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 509 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 526 aa  133  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.45 
 
 		 520 aa  131  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 520 aa  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.81 
 
 		 516 aa  130  6e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 520 aa  130  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26.42 
 
 		 502 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0062  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 521 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 		 526 aa  130  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  28.39 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.61 
 
 		 538 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.16 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 549 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 500 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 528 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.52 
 
 		 510 aa  126  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.64 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 490 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 516 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 519 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 		 544 aa  124  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 538 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 498 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.31 
 
 		 505 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.21 
 
 		 525 aa  121  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0130  extracellular solute-binding protein family 5  28.2 
 
 		 542 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 		 544 aa  121  3e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 529 aa  121  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 495 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  26.96 
 
 		 516 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 526 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 528 aa  121  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  27.01 
 
 		 517 aa  120  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 		 522 aa  120  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 		 528 aa  120  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  23.3 
 
 		 524 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 595 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 522 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 535 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  26.63 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 568 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>