More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1932 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3376  extracellular solute-binding protein family 5  64.22 
 
 		 552 aa  729    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0832  4-phytase  65.38 
 
 		 553 aa  726    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0405616  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0225  extracellular solute-binding protein  64.31 
 
 		 553 aa  720    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  65.51 
 
 		 555 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0380  extracellular solute-binding protein  79.54 
 
 		 566 aa  874    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1932  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 586 aa  1209    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142751  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3381  4-phytase  69.14 
 
 		 560 aa  754    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7150  putative oligopeptide ABC transporter (substrate binding protein)  66.79 
 
 		 557 aa  757    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.144912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0853  extracellular solute-binding protein family 5  75.6 
 
 		 552 aa  863    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3792  extracellular solute-binding protein  69.89 
 
 		 551 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.639455  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2065  extracellular solute-binding protein  74.76 
 
 		 605 aa  809    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414534  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0655  extracellular solute-binding protein  53.26 
 
 		 540 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1277  extracellular solute-binding protein  52.49 
 
 		 598 aa  568  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  51.69 
 
 		 534 aa  568  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1439  extracellular solute-binding protein family 5  52.49 
 
 		 540 aa  568  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  51.82 
 
 		 534 aa  558  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0290  extracellular solute-binding protein  47.7 
 
 		 531 aa  521  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.752502  normal  0.021899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7151  ABC transporter substrate-binding protein  48.28 
 
 		 531 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0833  extracellular solute-binding protein family 5  48.08 
 
 		 532 aa  515  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0226  extracellular solute-binding protein  46.79 
 
 		 533 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1219  extracellular solute-binding protein  46.51 
 
 		 531 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0111682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0900  4-phytase  43.59 
 
 		 533 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0202096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3602  extracellular solute-binding protein  44.02 
 
 		 539 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170805  hitchhiker  0.00309347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  40.88 
 
 		 539 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0497  extracellular solute-binding protein  41.7 
 
 		 539 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00026016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4619  4-phytase  41.71 
 
 		 544 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.715554  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.71 
 
 		 520 aa  204  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 528 aa  200  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.93 
 
 		 509 aa  194  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.87 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 528 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.69 
 
 		 535 aa  151  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 		 534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 505 aa  143  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0062  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.66 
 
 		 520 aa  140  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 528 aa  140  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 512 aa  140  7e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 535 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  26.23 
 
 		 509 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 497 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  28.81 
 
 		 525 aa  137  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 526 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.74 
 
 		 514 aa  135  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 528 aa  135  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.63 
 
 		 525 aa  134  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.29 
 
 		 521 aa  134  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.4 
 
 		 516 aa  134  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.35 
 
 		 542 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.25 
 
 		 541 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  29.75 
 
 		 527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  26.61 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 527 aa  131  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.17 
 
 		 518 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 531 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 		 522 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 526 aa  130  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 		 519 aa  130  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  25.61 
 
 		 528 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 520 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  27.71 
 
 		 519 aa  127  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  28 
 
 		 517 aa  127  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 495 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.39 
 
 		 565 aa  126  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 519 aa  125  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 498 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 509 aa  124  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  29.73 
 
 		 529 aa  124  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 530 aa  124  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 520 aa  123  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.06 
 
 		 535 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  26.42 
 
 		 528 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 517 aa  123  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.49 
 
 		 524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 532 aa  122  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.87 
 
 		 535 aa  121  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 607 aa  121  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.87 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  25.91 
 
 		 527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.42 
 
 		 502 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  24.65 
 
 		 529 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  23.92 
 
 		 505 aa  120  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 510 aa  120  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 526 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  24.85 
 
 		 529 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.1 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>